function page_not_found_404() {
	$post_type = "post_type"
	if( is_post_type_archive($post_type) || $post_type == get_post_type() ) {
		if(!is_user_logged_in()){
			status_header(404);
			include(TEMPLATEPATH . '/404.php');
			exit();
		}
		return;
	}

}
add_action('template_redirect', 'page_not_found_404');

当たり前だけどインクルードを使っているのでテーマフォルダの中に404.phpがないと機能しないからね。